Sejarah Pentadbiran Hal Ehwal Agama Islam telah bermula sebelum merdeka lagi apabila telah wujud lembaga Penasihat Agama Islam yang bertugas sebagai penasihat dan bertanggungjawab mengenai Hal Ehwal Agama Islam Pulau Pinang. Pada Tahun 1955, satu jawatankuasa telah dilantik oleh kerajaan negeri Pulau Pinang untuk menubuhkan Majlis Agama Islam Negeri Pulau Pinang  dan Seberang Perai dan Majlis Agama Islam telah dirubuhkan pada 15 April 1959 setelah Dewan Undangan Negeri Pulau Pinang meluluskan Undang-undang Pentadbiran Agama Islam Tahun 1959.